杨梅根系分布较浅，属浅根性根系，主根不明显，须根发达，一般70%~90%的根系分布在0~60厘米的土层内，尤其集中在5~40厘米的浅土层中，少数深达1米以上；杨梅根系的水平分布约大于树冠直径的1~2倍。杨梅根系与土壤中的放线菌等共生形成菌根，由树体供给放线菌碳水化合物，根系则从放线菌获得有机氮化物，故杨梅较耐瘠薄，能在贫瘠的土地上也能生长良好。菌根呈瘤状突起，肉质，粉白色或淡黄色，大小不一，分布无规律；菌丝老化，更新后残存根旁，腐烂后呈褐色粉末，对杨梅的生长无不良影响。
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